本节概览：在文章中找到GEO accession number，从NCBI获取scRNA-seq数据的SRR号在linux中使用prefetch命令根据SRR号批量下载SRA...
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2026版scRNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控 -
单细胞转录组测序技术完全指南：从SMART-seq2到10x Genomics——原理、工作流程、质控指标及实验设计建议单细胞转录组测序技术完全指南：从SMART-seq2到10x Genomics——原理、工作流程、质控指标及实验设计建议 本节概览 一、为什么需要单细胞测序——群体平均的局限...
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2026版ATAC-seq入门实战（全流程汇总）：从原始数据到差异开放染色质
前言：为什么做ATAC-seq？ ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）是...
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PiggyBac 转座子系统构建 稳定过表达细胞系 流程全解析PiggyBac 转座子系统构建 稳定过表达细胞系 流程全解析 本节概览 一、PiggyBac 转座子的工作原理二、双质粒系统的组成与载体设计三、启动子与调控元件的选择要点四...
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启动子选择指南：表达强度、稳定性与适用场景启动子选择指南：表达强度、稳定性与适用场景 本节概览一、启动子的基本作用机制二、常用组成型启动子详解三、组织特异性启动子与诱导型系统四、如何为实验选择启动子五、启动子活性验证...
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CRISPR/Cas9构建基因敲入（Knock-in）荧光报告细胞系流程全解析——从Donor设计到细胞鉴定CRISPR/Cas9构建基因敲入（Knock-in）荧光报告细胞系流程全解析——从Donor设计到细胞鉴定 本节概览一、基因敲入的核心原理二、Donor载体结构三、基于PX...
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2026版RNA-seq入门实战（十三）：转录因子富集分析 RcisTarget本节概览本流程利用 RcisTarget 包，从差异表达基因出发，系统预测调控这些基因表达变化的关键转录因子（TF），并可视化 TF‑motif 与靶基因的调控网络。在转录组...
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2026版RNA-seq入门实战（十二）：GSVA——基因集变异分析本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图。 1. GSVA...
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2026版ATAC-seq入门实战（七）：DiffBind差异分析本节概览DiffBind 简介：功能、适用场景及核心流程。准备样本表（SampleSheet.csv）：必填列说明及示例。读取数据与质量控制：dba()、dba.count(...
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2026版ATAC-seq入门实战（六）：使用 ChIPseeker 对 ATAC-seq peaks 进行注释与可视化本节概览1.ChIPseeker 简介2.环境准备：安装并加载所需的 R 包（TxDb、org.Mm.eg.db 等）。3.单样本注释与可视化：生成饼图、条形图、韦恩饼图、U...
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2026版ATAC-seq入门实战（五）：使用Homer对peaks进行注释和motif富集分析本节概览Peak注释结果：哪些基因启动子或区域是开放的。Motif富集结果：哪些转录因子可能驱动这些开放区域的形成。 在前一篇文章中，我们使用deeptools展示了ATAC...
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2026版ATAC-seq入门实战（四）：deeptools的可视化本节概览：准备bigWig文件（RPKM归一化）获取小鼠mm10 Refseq基因注释（BED格式）绘制TSS周围（±10 kb）的信号分布绘制基因body区域（含上下游10...
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2026版ATAC-seq入门实战（三）：插入片段长度、峰内读段比例（FRiP），以及基于IDR的重复样本重现性本节概览：1.计算三个关键指标：插入片段长度、峰内读段比例（FRiP），以及基于IDR的重复样本重现性。 1.插入片段长度 从 BAM 文件中提取第 9 列，然后新建一个名为...
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2026版ATAC-seq入门实战（二）：bowtie2比对，macs2找peaks本节概览：1.使用bowtie2进行测序数据的比对2.使用macs2找peaks 五、比对 索引文件大小约3.2GB，无需自行下载基因组并构建索引，推荐直接下载现成的索引文件...
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RNA-seq 基因有效长度获取方法详解在 RNA-seq 下游分析中，通常需要将上游处理得到的原始计数（counts）转换为标准化的表达量，如 FPKM、RPKM 或 TPM，以便消除测序深度和基因长度等因素的影...
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2026版ATAC-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
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SCI绘图革命：扔掉GraphPad，用R绘出可编辑的箱线图与散点图你是不是也觉得—— GraphPad很好用，但一到组图排版、配色微调、个性化注释，就开始头疼。更别提正版软件的付费提醒时不时弹出来，实验室还只有一台电脑有装。 其实，在R语言...
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2026版RNA-seq入门实战（十一）：2026版WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③ 构...