利用MSnbase包的chromatogram函数提取质谱数据的色谱图。

library("MSnbase")
library("msdata")
library("magrittr")
fl <- dir(system.file("sciex", package = "msdata"), full.names = TRUE)[2]
data_prof <- readMSData(fl, mode = "onDisk", centroided = FALSE)

此次，我们提取的是下图中蓝色圆圈内的红色离子。（下面热图中颜色越红，代表峰值越高）实际上，该离子峰为氨基酸-丝氨酸在LC-MS中[M+H]+峰。

ProteoWizard-Time to m/z Heatmap (ms1).jpg

serine_mz <- 106.049871
mzr <- c(serine_mz - 0.01, serine_mz + 0.01)
serine <- data_prof %>%
  filterMz(mzr) 

上述步骤相当于将三维的质谱数据做了一个切片，即将m/z在106.039871到106.059871的数据切了下来。
接下来，xcms包的chromatogram函数提取色谱图。

bpis <- chromatogram(serine)#aggregationFun参数默认为"sum"
plot(bpis,col = c("blue"))

Rplot08.png