“下面”接不住
在分级诊疗的蓝图中，大型三甲医院不再承担普通常见病的诊疗工作，只负责疑难杂症的诊疗和科研工作，基层医院负责康复和健康“守门人”的工作。在目前医联体的模式下，由于基层医疗机构缺乏合格的全科医生，虽然大医院经常派专家定期去基层医院出诊。但不得不说，这种方式难以形成顺畅的院际双向转诊，且在诊断和治疗的延续上难以得到保障，很多患者仍然不得不选择直接到大医院就诊。
在目前我国医事服务收费严重偏低的情况下，医院的运营模式只能以量取胜，医院的收入的主要来源必然是患者，否则在国家补贴不够的情况下，要么医院无法维持收支平衡，要么医务人员收入大幅降低。
“把患者留在基层医院，意味着本院门诊量骤减。”北京儿童医院，“儿科医联体”建立后，2015年北京儿童医院门诊量比去年减少20万人次，意味着这些病患的收入也随之“留”在地方。“如果我们没有其他手段提高医院收入，那么医院运营陷入困难，医务人员收入减少，从而失去对我这个院长的信任和支持，难免让改革再次进入死胡同。”
除了三甲大医院与基层医疗机构的博弈，医联体还有很多实际执行的难点。
对于药品，大医院品种特别全，但社区医院没有，患者有时只能回大医院开药；
对于报销比例，为鼓励患者在基层就诊，大医院就诊报销比例较低，而有的社区医院报销比例高达90%，但患者到了社区才发现，很多化验做不了，又得重返大医院；
对于异地转诊，涉及属地管理、医保报销和物价水平，患者到一线城市，看病该怎么报销？
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