脚本更新--空间背景对基因表达影响的评估

作者，Evil Genius

11月的最后一天了，马上过年了，大家还好么？

现在各行各业都很卷，而且处于通缩的情况，按照一些专家的推断，通缩之后就是大萧条，我们这种普通人该怎么面对这种情况呢？

今天我们更新脚本

我们总结一下这个分析。

第一步：单细胞空间联合，cell2location.

第二步：采用msityR进行共定位分析，不过现在推荐采用python版本，大家可以参考文章

脚本更新--visium数据的多样本共定位与分组差异分析

脚本优化--visium的细胞niche与共定位(python版本)

脚本优化--visium的细胞niche与共定位(R版本)

脚本更新--细胞类型的共定位与排斥

脚本更新--细胞类型、通路、TF、配受体共定位分析（visium）

第三步：选定感兴趣的细胞类型，文章是将细胞类型推断丰度≥10%的spot集合定义为感兴趣区域。

第四步：分析背景的影响，以文章为例

（1）哪些主要细胞类型在斑点内或局部邻域的丰度可预测应激vCM3？

vCM3 ~ 内在（细胞类型丰度）+ 邻域（细胞类型丰度）

（2）哪些主要细胞类型在斑点内或局部邻域的丰度可预测内皮细胞亚型？不同亚型间如何相互关联？

内皮细胞亚型 ~ 内在（内皮细胞亚型）+ 邻域（内皮细胞亚型）+ 内在（细胞类型丰度）+ 邻域（细胞类型丰度）

（3）斑点内或局部邻域中哪些髓系细胞状态能更好预测成纤维细胞状态？成纤维细胞状态间如何相互关联？

成纤维细胞状态 ~ 内在（成纤维细胞状态）+ 邻域（成纤维细胞状态）+ 内在（髓系细胞状态）+ 邻域（髓系细胞状态）

（4）哪些主要细胞类型在斑点内或局部邻域的丰度可预测髓系细胞状态？不同状态间如何相互关联？

髓系细胞状态 ~ 内在（髓系细胞状态）+ 邻域（髓系细胞状态）+ 内在（细胞类型丰度）+ 邻域（细胞类型丰度）。

我们来实现一下，python脚本