SY日记--10X HD的CNV分析

作者，Evil Genius

世事无常，父辈们也开始了。

无论发生什么，只要人在，一些就还有希望。

今天我们更新脚本，HD分析CNV

其中借助的也是inferCNVpy，但是考虑到 HD 数据的稀疏性以及上皮细胞平均直径超过 8 μm 的事实，分析采用了一个空间平滑步骤，对相邻上皮细胞的原始表达量进行平均处理，以在保留空间背景的同时增强信号（计数）。对于每个上皮细胞，如果其八个最近邻细胞中存在其他上皮细胞，则通过计算其自身基因表达与八个最近邻细胞中上皮细胞的平均基因表达的加权和来平滑基因表达，具体公式如下：

完成后进行标准化处理，使用infercnvpy软件包进行CNV推断，选取非上皮细胞（排除B细胞以避免其特异性高表达免疫球蛋白基因的影响）作为参考群体，为同样本上皮细胞的CNV检测提供正常基线。

关键就在于不能直接使用HD数据推断CNV，而是要进行空间平滑,无论是8um还是16um分析都推荐这么处理。

全流程python脚本