R package:xcms(一):导入数据

佳名IP属地: 海南
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导入所需要的包

library(xcms)

1.单个样本

导入

data_raw <- readMSData("neg_20211-fa-68.mzML", mode = "onDisk",centroided = FALSE)

提取基峰色谱图

bpis <- chromatogram(data_raw, aggregationFun = "max")
plot(bpis)
image.png

2.多组数据

导入

myfiles <- list.files(pattern = "^neg")
myfiles
pd <- data.frame(sample_name = sub(basename(myfiles), pattern = ".mzML",replacement = "", 
                                   fixed = TRUE),sample_group = c(rep("FA", 4), rep("HFD", 4)),stringsAsFactors = FALSE)
pd
data_raw <- readMSData(files = myfiles, pdata = new("NAnnotatedDataFrame", pd),mode = "onDisk")

提取基峰色谱图

bpis <- chromatogram(data_raw, aggregationFun = "max")
#定义两组颜色
group_colors <- c("blue","red")
names(group_colors) <- c("FA","HFD")
## 绘制所有色谱图
plot(bpis, col = group_colors[data_raw$sample_group])
BPC.png

参考资料:

LCMS data preprocessing and analysis with xcms (bioconductor.org)

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佳名西北农林科技大学食品研究生
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