linux环境下的软件安装
linux 环境类似于只有编程语言的电脑，需要把特定的代码和操作联系起来。接受程度上没有普通的Windows或者macos直观。但是，一旦把代码和操作的记忆联系起来后就十分的方便。唯一的问题就是，年龄大了，记忆力不好，需要反复的浏览或者查看来确定自己处在正确的位置
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Appstore 应用商店
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清华 minicoda
- 进入software目录
cd -/biosoft
- 下载安装包
wget link
- Install
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
根据指令确认和接受 enter， yes
- 激活conda
source -/.bashrc
- 添加镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用
- 查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
- 安装软件
conda install fastqc -y
指定版本号安装
conda install fastqc=0.11.7 -y
- 确认软件安装成功
查看help文档
fastqc --help
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
拓展
- 查看当前的conda环境有哪些（虚拟机？）
conda info --envs
- 建立特定的conda环境（特定分析用的电脑？）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建后可再次查看conda环境，确认是否成功创建
- 激活conda 环境 （设置默认工作区？）
conda activate rna-seq
根目录前出现rna-seq，并且*转移至新conda环境
