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PAML正选择文献阅读与计算方法-自用版 -
趋同检测1
1. 利用rbh的方法鉴定ortholog 2. 利用convgent_1.2.py生成prank,convert_paml,run_paml和...
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接上，pcoc检测氨基酸性质的趋同
pcoc检测 step1. 处理树文件；将第2步生成的02_Trees文件夹拷贝到当前目录，并修改为.txt结尾 step2：处理序列文件 st...
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2023-GATK4-Best Practices|| Getting started with GATK4（一）老规矩，先奉上学习资料链接： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/3600361...
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genblastg和genewise鉴定缺失基因
基于组装好的基因组，例如某一个基因在该基因组中无注释，需检查是否为注释错误，还是该基因本身缺失。 软件：genblastg和genewise g...
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基因组位置匹配，提取gff文件信息
有一个文件weizhi，里面是三列数据，以”_“分割，第一列是染色体，第二列是开始位置，第三列是终止位置，另一个文件是H7L1_maker.gf...
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跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2散点组合误差线展示响应比（Response ratio）论文 Meta-analysis of the impacts of global change factors on soil microbi...
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开放问题：如何从OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS进行正选择分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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看完这篇推送的，据说都学会了分化时间计算？！分子钟假说 基因序列中密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例相互替换，即具有恒定的演化速率，两个物种之间的遗传距离将与物种的分化时间成正比。我们通...
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关于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT软件分析氨基酸变异的有害性，经过一段时间的探索，对这两款软件已经有了...
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