单细胞测序数据也可以做gsea，步骤跟用RNAseq的数据差不多，主要是要用到差异基因并且根据Fold change来排序。 选择自己数据的物种...
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单细胞数据（scRNAseq）可以做GSEA吗？ -
【单细胞转录组】单细胞小记—什么是拟时间分析在发育过程中，细胞对内外环境的刺激发生反应，从一种状态转变成另外一种状态。比如说精卵结合形成受精卵，随着不同基因的激活，逐渐分化成不同的组织和器...
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如何通过CHIP-seq分析鉴别基因启动子和增强子
一、表观遗传学的组蛋白修饰 染色体一个核小体由两个H2A，两个H2B，两个H3，两个H4组成的组蛋白八聚体和147bp缠绕在外面的DNA组成。组...
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scRNAseq：h5文件转化为matrix表达矩阵前言 今天想跟大家分享一下单细胞分析中的一个需求，就是如何将h5的表达量文件转化为常见的表达矩阵。大部分情况下，我们是不需要用到这个需求，因...
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根据barcode过滤bam文件
10x 单细胞产生的BAM文件可以根据所需的barcode进行过滤。首先，将所需的cell barcode条形码放入 filter.txt中。并...
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单细胞Seurat包升级之2,700 PBMCs分析（下）刘小泽写于19.8.19主要介绍官方教程PBMC 3K的下游分析（https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3...
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monocle3 的安装monocle2在解决细胞轨迹排布结果可读性上确实让人欢喜，但monocle2有个致命的确定，就是分析的细胞数目有限，最近在分析一个65000多...
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单细胞转录组细胞类型注释分析合集
SingleR 使用SingleR包进行单细胞类型注释分析 Celaref 使用Celaref包进行单细胞类型注释分析（一）：Celaref O...
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ATAC-seq分析干货-2
作者 | Arno审稿 | 童蒙编辑 | amethyst 上一期我们介绍了ATAC-seq相关的背景知识。ATAC-Seq能帮助我们从全基因组...
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SNARE-seq：RNA-seq和ATAC-seq合体High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibil...
专题公告
单细胞技术，分析方法
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