GWAS分析基本流程及分析思路[https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10129785.html] 数据预处...
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GWAS分析基本流程及分析思路
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2021.11.19 | 群体遗传结构、PCA、进化树
常见的群体结构的分析方法有admixture分析、系统发生数分析以及主成分分析等。 1、admixture分析 1）R语言绘图 admixtur...
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画点和连线展示群体间Fst值和群体内Pi值看论文 Genomic insights into the origin, domestication and diversification ...
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Apiolaza2014 育种方程
Apiolaza LA. Linking changes to breeding objectives and genetic evaluati...
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四、遗传漂移1. 遗传漂移的成因 产生遗传漂移的实质是有限群体遗传信息在世代间传递过程中遗传抽样（genetic sample造成的）。现实植物群体可看成...
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QTL定位
如果分子标记覆盖整个基因组，当标记与控制特定性状基因连锁时，不同标记基因型的表型值存在显著差异，通过数量性状观测值与标记间的关联分析，就可以确定...
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群体遗传分化1. 群体遗传分化的度量 （1）F-统计量 现实植物自然群体并非是理想群体，如果仅考虑单基因座上一对等位基因，对于由若干个地方群体组成的生物大群...
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群体结构分析软件Structure了解和使用一、简介 Structure 是一个利用遗传标记推断群体遗传结构的软件。其功能包括推断群体数目，判断某个个体属于哪个群体，鉴别迁移个体及杂合体等...
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gwas分析中的一些文件格式hapmap format (.hmp) ped(.ped) map(.map) bed(.bed) 参考：Basic usage / data...
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gwas分析时数据格式转换
排序 从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort vcf转换为ped和map文件 将vcf文件转...
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