注意，这种报错就是树文件中多了累赘的括号，仔细检查，比如（（a,b））这里就是多了2个括号
发简信
IP属地：陕西
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error: check #seqs and tree: perhaps too many '('?(prank) 2025-07-11
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每日一个小脚本——MacOS为文件批量改名
在 MacOS 系统中，使用终端（Terminal）执行以下命令可高效完成批量替换：原生 zsh 循环（无需安装）cd /path/to/your/folderfor f i...
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conda镜像问题，导致repeatmasker安装的困扰
以下为清华镜像，但是指定channels时，conda只会在指定的镜像找pkg，比如bioconda'''channels: defaultsshow_channel_url...
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RepeatModeler 2.0.5报错`GLIBC_2.34' not found
通过降级替换rmblast-2.14.1为rmblast-2.14.0可解决，无需为系统root升级GLIBC_
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“接下来的思路是，先分染色体，再对第二列除以50kb结果取整”这里怎么分染色体的呢 略过了呢 按步骤走得不到正确的深度
karyoploteR: 画一个测序深度分布图
测序深度的分布图是很常见的一类图，可用于发现染色体片段或整条染色体的缺失或是重复。如果是缺失，测序时捕获的概率就小，最终比对呈现出来的就是有一段区域深度明显偏低；如果是重...
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@玫瑰不要命 已解决，找到文件Orthogroups/Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt 根据里面的ID对应到基因组的CDS进行提取
选择压力分析，从序列下载到结果绘图
选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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@麦田里的守望者_98a5 是的，采用直系同源单拷贝基因来做
开放问题：如何从OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS进行正选择分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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R语言可视化学习笔记之ggrepel包当我们在图形中添加标签时，标签之间很容易相互重叠，包ggrepel就专门用来解决这个问题！ 首先我们来看看通过geom_text()添加标签时的情形： 可以看到可视化效果不是...
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PAML-discussion-groupHi PAML Users,Welcome to the PAML discussion group. This site is for posting questions...
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开放问题：如何从OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS进行正选择分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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用Python提取FASTA中最长转录本在对拼装或者数据库下载的序列文件进行下一步分析时，我们通常会对序列进行去冗余操作，其中经常需要提取同一个‘gene’的最长转录本，所以动手用python写一个脚本。 一、基本...
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@byemax 您好，我这里也有个疑问，orthofinder得到的直系单拷贝同源基因，是蛋白质序列，如何实现用核酸进行多序列比对呢，您是用什么脚本转换的呢
选择压力分析，从序列下载到结果绘图
选择压力及基因在进化过程中所受到的压力，也称自然选择。 在遗传学中， Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义突变频率(Ka)和同义突变频率（Ks）之间的比例。 一般认为，同义...
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MacBook安装window10双系统 wifi不能连接问题Apple 参考：https://support.apple.com/zh-cn/HT201468[https://support.apple.com/zh-cn/HT201...
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基因组组装和注释流程 from ChatGPT
【202301】Q:write a genome assembly and annotation pipeline for each step with bioinforma...
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Out-of-Memory (OOM) or Excessive Memory Usage
https://www.osc.edu/documentation/knowledge_base/out_of_memory_oom_or_excessive_memory_...
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"Note that the ‘cut’ cursor prompt appears only when the selection constitutes a single scaffold"JBAT官方使用说明 https://www.dropbox.com/s/yq5oeuh0c9dlzhw/manual_180322.pdf?dl=0
如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑
推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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基因敲除后基因型的验证之单克隆制备与测序
胚胎进行CRISPR/Cas9敲除之后需要对突变体进行基因型的鉴定。大致如下：首先，提取突变体的DNA；再进行PCR得到sgRNA区间的条带，并观察是否有引物二聚体或条带单一...
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从jModelTest2到MrByes注意选最佳模型参数时设置此值为3，否则得到的除1/2/6之外的nst值时，MrByes不接收 MrBayes 3 implements three main types of...
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sra安装后使用报错问题vdb-config --interactive
先不要设置环境变量，回到安装目录，执行./bin/vdb-config --interactive再使用即可
