Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...
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cutadapt 使用详解 -
MaxQuant-linux版本使用弄完我才知道为何很多人吐槽这个软件的Linux版本很难用，各种报错都是泪呀。大概正确的安装和运行操作如下，很多教程遇到的坑我就不写了。 首先去maxquant的官网去获得ma...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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序列比对软件 MUMmer 结果可读化处理（四）
关于该软件的计算可选参数以及结果文件的解读，见前三篇分享： 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu.com/writer#/not...
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infernal预测ncRNA
一：下载安装 二：下载数据库 三： 确定待查询的核苷酸序列或基因组的大小，作为后续命令的参数 其输出结果中有一行，Total # of residues: 218502668...
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序列比对软件 MUMmer 高级使用（二）
快速上手的话见上一篇，这篇详细介绍一下 MUMmer 4 软件下 nucmer 程序的详细参数。 序列比对软件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jian...
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应该是最新最详细的MUMmer中文使用说明如何使用MUMmer比对大片段序列 测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方...
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我的生信自学心得分享
这是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 从2016年，我开始自学生物信息，那个时候，为了加深自己学习，所以就不间断的在网上分享我的学习笔记。 我有一个自己的博客，xu...
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计算分子进化-搞懂PAML的正选择分析许多基因组的文章里都会提到使用PAML进行基因的正选择分析(positive selection), 网上也有一些教程介绍如何用PAML进行分析。无论是文章，还是教程，大多只...
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什么年代了，还在用传统的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的辅助组装，它的最大优势就是输出结果可以对接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)进行手动矫正。然...
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hifiasm对HiFi PacBio进行组装hifiasm是一个能有效利用PacBio HiFi测序技术，在分型组装图(pahsed assembly gprah)中可靠的表示单倍体信息的算法。 流程介绍 hifias...
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SRA Toolkit - prefetch 快速下载NCBI SRA数据sratoolkit 是NCBI提供的用于处理来自SRA 数据库测序数据的一个工具包。 #1. sratoolkit 配置 #1.1 sratoolkit 下载 首先，下载最...
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ATAC-seq 片段长度周期性分布图参考： 给你bam文件，你会画插入片段长度分布图吗？ 糗世界-ATAC-seq 「文献02」esATAC: 一个ATAC-seq分析的R包 【r<-ggplot2】修改x和y...
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TRF--Tandem Repeat FinderTRF软件是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件，无需安装，使用简单方便。 1. 重复序列分为串联重复序列和散在重复序列（转座子）； 串联重复序列又包含卫星序列 >...
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BUSCO - 组装质量评估BUSCO - 组装质量评估软件 BUSCO - Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs 额。直译的话就是普遍通用的单拷贝直...
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Rosetta 简易手册这部手册的基本思路（如何使用我） 在 Rosetta入门 这一部分，我记录了Rosetta能够解决的生物问题及其使用的抽样策略，主要包括：如何将你的问题转化为Rosetta可...
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未来药物开发机遇—Druggable Genome
很多生物医学研究以及新疗法的开发都集中于极少部分人类基因组，还有相当多与疾病相关的蛋白有待开发，这其中其实蕴藏了很多科研与商业机会。NIH启动可成药基因组项目(Druggab...
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使用HINT-ATAC进行ATAC-Seq的footprinting分析关于ATAC-seq分析，在网上看到两篇关于同一片综述的翻译，写的很好：ATAC-seq数据分析工具的比较和推荐（Genome Biology综述）ATAC-seq生信分析综...
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CUT&RUN实验原理和步骤这篇笔记是记录CUT&RUN实验的具体步骤。因为下周就要做CUT&RUN了，首先就要先熟悉一下实验步骤。虽然有纸质版的protocol，但是老板推荐我去试剂盒官网看一下视频，...
