单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 年底了，很多人被裁员了，有些人也与我交流，很焦虑，其实也没什么，只要有一个健康的身体，我们就还有翻盘的机会。 大家也知道，我最近也在劳动仲裁，劳...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 总是有人说R版本的harmony整合效果优于python版本，今天我们测试一下。 首先准备数据，10X数据 我们首先测试R版本，参数设置如下： ...

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作者，Evil Genius 现在发一篇NC也是相当不容易啊，今天我们分享文献 是一篇10Xvisium call mutation的文章，值得大家借鉴。 多组学是未来的...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享方法论。 参考文献 其中分析内容很多，但是这一篇我们主要关注距离分析。 现在基本上空转分析全部是python代码，大家最好还是上手一...

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作者，Evil Genius 很多人问我这些空转的分析内容都是怎么总结的，其实没啥秘密，天天做项目，看文献，被老师骂，总结出来的。 今天我们需要实现的目标 解析一下这个步骤，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 世事无常，父辈们也开始了。 无论发生什么，只要人在，一些就还有希望。 今天我们更新脚本，HD分析CNV 其中借助的也是inferCNVpy，但是...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius SY第一天，无论发生什么，依然热爱生活。 今天我们更新脚本，实现高精度的通讯热点区域分析。 分析原理很简单 大家在划分高精度的ROI的时候，这个...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 11月的最后一天了，马上过年了，大家还好么？ 现在各行各业都很卷，而且处于通缩的情况，按照一些专家的推断，通缩之后就是大萧条，我们这种普通人该怎...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 维权路漫漫，且行且珍惜。 今天我们更新脚本，高精度（Xenium、CosMx）的邻域通讯分析 python代码，python大家尽量学一学，如何...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们扩展知识内容，关于ROI的选择。 我们在做HD、Xenium、CosMx通常是不可以全量分析的，而是选择一些关键的区域进行核心分析。 关...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 我知道很多人分析主要是挖掘公共数据，或者自己的数据添加一些公共数据丰富一下分析内容，但是公共数据从哪里来？比如我们的单细胞空间。 大家要明白，那...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天我们分享文献 知识积累 阿尔茨海默病（AD）的两大病理特征——β-淀粉样斑块和神经原纤维缠结——其累积与扩散程度与症状严重程度密切相关。 结...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 老是有人我问失业了怎么办，我告诉大家，工作是需要自身能力强硬才能获取的，失业了就好好学习，求人是没有任何用的。 作为课题组的人，数据课题组给了，...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天周六，不想那些乱七八糟的事情，等待法院裁决书，好好躺平一下。 这一篇我们来简单的比较一下Xenium、CosMx之间的区别，结合自己的项目分...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 劳动仲裁这种事情，大家最好都不要遇到，安安稳稳上班即可，实在是没办法了，那就只能仲裁了。 有人问我仲裁的金额是多少，这里我也记录一下 仲裁的内容...

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作者，Evil Genius 希望大家都有一个美好的生活，厄运散去，好运常来。 今天我们分享文献 知识积累 理解与侵袭性前列腺癌相关的肿瘤微环境特征，对于精准诊断和治疗至关重...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 劳动仲裁已提交，等待结果吧。 这让我想起了当初23年出事的时候有人攻击我，说我已经这么惨了居然还在更新文章，绝对是个骗子，那么现在这种情况下，估...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天给大家看个东西，希望大家以后都用不到这个东西。 厄运总是如影随形，多的自己快麻木了。 经常有人问培训应该挣了不少钱吧，说实话， 挣了一些，但...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 有人拿到HD的细胞分割数据、或者Xenium数据，想跟单细胞数据一样直接定义，目前来讲这种方式仍然可行度不高，原因也很简单，基因数量严重不足，达...

单细胞空间交响乐

作者，Evil Genius 今天周六，我们来复习一个内容，NMF。 关于运用NMF的文章已经非常多了，我分享给大家的23、24、25搜集的高分文献就有很多，这里就不一一列举...