作者，Evil Genius 5月最后一天了，我们来完成分子对接的最后一块拼图，3维构象定量关系。 3D-QSAR核心目的是研究分子的三维结构与其生物活性之间的定量关系，从而...
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分子对接--3维构象定量关系（3D-QSAR） -
顶刊分享（visium HD）--利用CRISPR筛选测序揭示空间分辨的功能基因组学作者，Evil Genius 到这一篇，我所搜集的关于visium HD实验类文章已经达到50篇了，大家做了HD的要加油赶紧发文章了。 今天我们分享文献，文章的核心目的：将基...
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分子动力学--分析结果的详细解读作者，Evil Genius 这一篇我们来详细解读分子动力学最后的分析结果。 首先第一个：RMSD--用于量化分子结构的变化程度或差异大小。 RMSD的定义：均方根偏差计算的...
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课前准备--低精度（visium）百分比矩阵矫正与细胞niche分析作者，Evil Genius 针对低精度的visium数据，大家分析细胞niche的结果还好么？ 随着分析的深入，大家还可以自我设置niche参数人为定义么？ 对不起，大概率...
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计算机辅助药物设计的流程梳理作者，Evil Genius 整理了分子对接和分子动力学，我们来梳理一下计算机辅助药物设计的流程。 小分子药物设计是一个快速发展的领域，它具有革新新药物开发的潜力。随着结构生...
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visium HD & 分子动力学--内皮SMAD1-MCAM轴通过LAMB1-ITGB1信号通路促进舒尼替尼耐药及透明细胞肾细胞癌的进展作者，Evil Genius 大家能接受自己是同学中混得最差的么？大家愿意接受自己的人生算失败么？ 命运这种事，真的让人难以捉摸，起起落落。 山西长治市沁源县5月22号煤矿瓦...
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Stereo-seq & 分子动力学--内吞逃逸导致癌症对抗体药物偶联物疗法产生耐药性作者，Evil Genius Ai与多组学的结合，现在发展的速度越来越快了。 今天我们分享文献，Stereo-seq & 分子动力学。 知识积累 Enfortumab ved...
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分子动力学--结合自由能的计算作者，Evil Genius 这一篇我们继续分子动力学。 以前高中不知道学的那些东西有什么用，现在多多少少知道一些了，生物这个学科，必须交叉，生物物理、生物化学、计算生物学、...
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课前准备--低精度（visium）五大通讯思路汇总作者，Evil Genius 大家平时多总结，遇到问题自然可以迎刃而解。 今天我们来汇总关于低精度空转的五大通讯分析思路。所有总结的内容均来自文献，我都分享了，文章在分析梳理...
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课前准备--Stereo-seq（HD）细胞类型的分布梯度作者，Evil Genius 今天我们更新思路，针对华大的Stereo-seq。 目前关于华大Stereo-seq的数据分析生态也在慢慢建立，越来越完善，对大家来讲，这是好事...
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文献分享（visium）--空间转录组学的泛癌分析揭示异质性肿瘤空间微环境作者，Evil Genius 关于低精度的空间平台，虽然目前新课题采用的比例变少了，但是其仍然具有独特的优势，所以不会被淘汰，而且之前测了很多的visium数据，很多仍然未发...
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文献绘图--绘制蛋白配体相互作用示意图作者，Evil Genius 大家学一个组学的内容，一定要全面并且逻辑完整，例如单细胞，从拿到fastq数据开始，自己就能一步一步按照思路往下做，整个形成一套完整的分析逻辑，...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤十（Gromacs）作者，Evil Genius 前面我们完成了动力学模拟，做了一些基础的分析，但是在数据分析的过程，需要我们分析更多的情况。 接下来我们就要做一些之前动力学模拟之后的相互作用分...
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单细胞空间--人类成年人口腔内成纤维细胞驱动免疫调节的综合单细胞与空间蛋白质转录组学图谱作者，Evil Genius 人生总是有各种坑，而坑基本都是别人带来的，大家很多时候并不想走极端路线，协商一下解决了，日后还可以合作，一旦突破底线，对于一个有家庭要养，有房贷...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤九（Gromacs）作者，Evil Genius 这一篇我们继续分子动力学，对蛋白配体复合物的NVT、NPT预平衡。 先来看NPT预平衡 平衡蛋白质-配体复合物与平衡任何其他蛋白质水溶液体系一样...
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正刊分享（visium HD）--三阴性乳腺癌在化疗反应中的生态型作者，Evil Genius 今天我们分享顶刊，包含visium、visium HD、Xenium 5k。 知识积累 临床背景与挑战： TNBC占乳腺癌的10-20%，缺乏三...
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分析梳理--分子动力学模拟的常规步骤八（Gromacs）作者，Evil Genius 每一个组学内容都很多啊，都需要花费大量的时间学习，学习的最好阶段就是学生阶段，你的导师就是你的伯乐，像我这种社会底层人员，纯纯没事干，学了有没有...
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正刊分享（CODEX）--利用单细胞转录组学和蛋白质组成像技术绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理图谱作者，Evil Genius 其实所谓的生信培训，并没有什么新鲜的东西，就是以下几点： 1、总结文献思路 2、汇总分析特点 + 具体案例。 3、代码实现。 没有什么特别的，...
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空间TCR文献分享--单细胞TCR映射揭示了头颈癌中空间协调的T细胞状态作者，Evil Genius 生活到处都是坑，越来越觉得，结婚真的是沉重的负担，如果所在城市没有房子，给孩子上的户口居然是集体户（我在太原），怪不得都不想结婚了，根本没办法结...
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信息汇总--关于各大空转平台空间坐标与实际距离的关系作者，Evil Genius 这一篇我们汇总信息，把市面上常见的空转平台，其生成的空间坐标与实际的空间距离之间的关系。 为什么要做这个？因为大家分析niche的时候，需要人为...